El Hospital de Niños Dr. Roberto Gilbert obtuvo la certificación ISO 9001 en mayo del 2006, y un recertificado de su Sistema de Gestión de Calidad en la versión 2008 en septiembre del 2010.

El alcance de la certificación comprende procesos claves como la atención ambulatoria pediátrica y de especialidades, áreas de hospitalización, áreas críticas como las unidades de cuidados intensivas pediátrica y neonatal, área de cuidados intermedios pediátrica y neonatal, área de niños quemados y emergencia; además de docencia e investigación.

Junto con éstos están también procesos de apoyo técnicos como enfermería; de diagnóstico como laboratorio, imágenes, audiológicos, hemodinamia, electromedicina, depósito de sangre; y los procesos de apoyo administrativos como trabajo social, caja, estadística, biblioteca, entre otros.

Somos un Centro de Entrenamiento de la Asociación Americana del Corazón AHA, para capacitación de su programa de "Apoyo vital avanzado en Pediatría AVAP" (PALS por sus siglas en inglés).

También somos un hospital docente como sede del Posgrado de Pediatría desde hace más de 25 años.